Secţia efectuiază supravegherea de stat a sănătăţii copiilor şi tinerilor instituţionalizaţi în teritoriul municipiului Chişinău şi suburbii în vederea aprecierii sănătăţii lor, elaborează, organizează şi participă la realizarea măsurilor de prevenţie, organizează şi coordonează activitatea instituţiilor şi altor servicii cointeresate din teritoriul deservit întru realizarea prevederilor actelor  legislative în domeniul  supravegherii de Stat a sănătăţii publice, Programelor Naţionale şi teritoriale complexe şi cu destinaţie specială privind asigurarea bunăstării sănătăţii publice, ocrotirea şi fortificarea  sănătăţii copiilor şi tinerilor.

Secţia organizează supravegherea şi evaluarea sănătăţii copiilor şi tinerilor, cu stabilirea priorităţilor, coordonarea implementării politicii teritoriale în domeniul sănătăţii copiilor şi tinerilor.