Secţia igiena alimentaţiei se concentrează în activitatea sa pe două obiective: 

1. Studierea şi punerea în valoare a efectelor favorabile ale alimentaţiei asupra stării de sănătate;

2. Diminuarea sau lichidarea riscului ca produsele alimentare să dăuneze consumatorilor.

Pentru a atinge scopurile trasate şi condiţionate de aspectele igienei alimentaţiei specialiştii secţiei asigură supravegherea sanitaro-epidemiologică de stat asupra obiectivelor cu profil alimentar, amplasate pe teritoriul mun. Chişinău.

 Reperele principale în activitatea secţiei sunt:

1. Supravegherea sanitaro-epidemiologică a obiectivelor alimentar;

2. Supravegherea sanitaro-epidemiologică a achiziţionării, transportării, depozitării şi comercializării produselor alimentare;

3. Asigurarea supravegherii igienice la fabricarea, păstrarea, transportarea şi realizarea  produselor alimentare,

4. Expertizarea proiectelor referitoare la procedeele tehnologice noi;

5. Expertizarea igienică a produselor alimentare;

6. Asigurarea  supravegherii igienice la importul şi plasarea pe piaţă de desfacere a produselor alimentare de import şi supravegherea circuitului acestora

7.Organizarea acţiunilor complexe şi intersectoriale de asigurare a        inofensivităţii produselor alimentare;

8. Angajarea în anchetarea epidemiologică a cazurilor de toxiinfecţii alimentare în grup şi a altor îmbolnăviri, cauzate de consumul de alimente insalubre;

9. Promovarea principiilor alimentaţiei raţionale.

Astăzi în secţie activează 7 medici igienişti, din care 4 - cu categorie superioară  şi vechime în muncă de peste 20 de ani şi 3 - cu categoria I şi vechime în muncă de peste 10 ani; 14 asistenţi ai medicului igienist, din care 10 - cu categorie superioară, 2 - cu categoria I, 2 - cu categoria II.

Specialiştii secţiei supraveghează sub aspect sanitaro-epidemiologic activitatea a 7394 de obiective cu profil alimentar, din care 371 intreprideri industrie alimentară, 24 pieţe agro-alimentare, 3950 obiective de comerţ şi 3047 obiective de alimentaţie publică.