Activitatea secţiei este orientată spre crearea unui sistem de supraveghere sanitaro-epidemiologică de stat continuu asupra calităţii factorilor mediului de muncă şi odihnă a muncitorilor, depozitarea, utilizarea şi comercializarea produselor de uz fitosanitar  şi a fertilizanţilor, produselor şi substanţelor nocive, deşeurilor toxice care pot influenţa asupra respectării regulilor şi normativelor sanitaro-igienice şi altor acte oficiale în domeniul sănătăţii publice de către instituţii, organizaţii, unităţi economice persoane juridice şi fizice în teritoriul municipiului Chişinău.

Conform statelor de funcţie în secţie sunt prevăzute 5 funcţii de medici igienişti, 4 asistenţi ai medicului igienist, de facto 2 medici igienişti, 2 asistenţi ai medicului igienist. Potenţialul de cadre al secţiei este stabilit în conformitate cu statele de funcţii aprobate şi prevederile legislaţiei în vigoare.