Serviciul sanitaro-epidemiologic de stat al municipiului Chişinău a fost fondat în anul 1944 cînd prin Hotărîrea Consiliului Comisarilor Poporului RSSM nr. 372 din 23 octombrie 1944 (77 Kb.) a fost creată Staţia sanitaro-epidemiologică a or. Chişinău.

În perioada anilor 1951-1953 prin ordinele respective a secţiei orăşeneşti a Sănătăţii au fost formate: Statiiile Sanitaro-Epidemiologice a raionului Stalin 16.02.51,  raionului Lenin 18.04.52 şi raionului Krasnoarmeisk care au activat pînă în luna noiembrie anul 1956.

În perioada anilor 1957-1968 s-a revenit la structura iniţială, supraveghereasanitaro-epidemiologică în cadrul oraşului fiind exercitată de către Staţia Sanitaro-Epidemiologică a or. Chişinău.

Modificări în structura Serviciului sanitaro-epidemiologic al or. Chişinău au avut loc şi în perioada anilor 1968-1984, datorită divizării oraşului Chişinău în sectoare administrative, au fost create 5 Staţii Sanitaro-Epidemiologice raionale:

• în a. 1968 Staţia Sanitaro-Epidemiologică a raionului Octombrie;
• în a. 1969 Staţia Sanitaro-Epidemiologică a raionului Frunze;
• în a. 1970 Staţia Sanitaro-Epidemiologică a raionului Lenin;
• în a. 1977 Staţia Sanitaro-Epidemiologică a raionului Sovietic;
• în a. 1984 Staţia Sanitaro-Epidemiologică a raionului Dnestrovschii.

Din anul 1992 în baza ordinului Ministerului Sănătăţii al Republicii Moldova nr. 367 din 06.11.91 şi Deciziei Primăriei or.Chişinău nr. 2/56 din 23.01.92 cele 6 instituţii ce reprezentau Serviciul Sanitaro-Epidemiologic de Stat al or.Chişinău (Statia orăşenească de Igienă si Epidemiologie şi 5 Statii Sanitaro-Epidemiologice raioanele) au fost integrate într-o singură instituţie cu statut municipal, fiind creată Staţia Sanitaro-Epidemiologică Chişinău.

În anul 1994 Staţia Sanitaro-Epidemiologică a or.Chişinău prin ordinul Ministerului Sănătăţii al Republicii Moldova este reorganizată în Centrul orăşănesc de Igienă şi Epidemiologie.

În anul 1998 în conformitate cu ordinul Ministerului Sănătăţii al Republicii Moldova nr.204 din 30.06.98 denumirea institutiei s-a modificat din Centrul de Igienă şi Epidemiologie în Centrul de Medicina Preventiva.

În anul 2000 în conformitate cu Hotărîrea Guvernului Republicii Moldova nr. 934 din 13.09.2000 (3.81 Mb) şi ordinul Ministerului Sănătăţii al Republicii Moldova nr. 81§1 din 27.01.2000, în scopul optimizării Serviciului sanitaro-epidemiologic de stat al municipiului a avut loc lichidarea Centrului municipal de Dezinfecţie şi includerea lui ca subdiviziune a Centrului de Medicină Preventivă municipal Chişinău.

Actualmente Centrul de Medicină Preventivă include 26 subdiviziuni, inclusiv 6 laboratoare, asigurate cu personal calificat şi dotate cu utilaj şi aparataj modern ce permite în mod operativ efectuarea supravegherii sanitaro-epidemiologice de stat preventive şi curente cu estimarea factorilor de risc, organizarea şi efectuarea măsurilor de localizare si lichidare a focarelor de boli infecţioase în raza teritoriului deservit, etc. CMPM Chişinău este acreditat în Sistemul Naţional de Evaluare şi Acreditare în Sănătate şi în Sistemul Naţional de Evaluare a Conformităţii Produselor.